1999年1月、ハセコーシステムズから株式会社長谷工システムズに商号変更し、本社を千葉県浦安市から東京都港区芝へ、東京事務所を千葉県浦安市から東京都江戸川区瑞江へそれぞれ移転した。同年4月、長谷工システムズを存続会社として長谷工システムズ（メール＆レンタル事業部）、長谷工情報ビジネス（IT事業部）、長谷工保険サービス（保険サービス事業部）、長谷工ウェルセンター（ウェルセンター事業部）の4社が合併し、4事業部体制で再編するかたちで新生「株式会社長谷工システムズ」が誕生。

2004年9月、IT事業部が長谷工コーポレーションへ移管されたのに続き、2005年4月には、ウェルセンター事業部が株式会社長谷工ウェルセンターとして独立。

長谷工アーベスト、長谷工コミュニティ、長谷工ライブネットがハローワークより障害者のグループ適用を受ける。

2009年11月より、長谷工コーポレーションが首都圏の新築分譲マンションを対象に設備機器のリース事業を開始した。これは長谷工システムズが事業主（管理組合発足後は事業主から管理組合に地位継承）とリース契約を結び、ガス給湯器、宅配ロッカー、防犯カメラなどのマンション設備機器をリースするもので、2012年3月からは「すまいリース」という新しいサービス名称で本格展開した。

2013年1月に長谷工リフォーム、また同年9月に長谷工アネシスが障害者のグループ適用に追加。同年4月、健常者の正社員制度がスタート。

2014年4月、保険サービス事業を長谷工アネシスへ移管。

2016年1月、グループ関連の受注拡大と純粋外部顧客の新規獲得を目指し、グループ各社の事業所が集中する東京都港区芝に「芝店」を開設。

障がい者雇用の新たな職域として2017年6月に「柏ファーム」、翌2018年6月に「船橋ファーム」を開設。

さらに障がい者スタッフが安心して働けるオフィスワークの拠点として、2020年5月に「丸の内サテライト」、同年11月に「三鷹サテライト」、「川越サテライト」、翌2021年1月に「大阪サテライト」をスタート。

2018 年5月、自社の保管倉庫「関西第1センター」（大阪府堺市・約10万箱収納可能）を拠点に法人向けの「文書保管サービス」を関西エリアでスタート。同年10月からは安全性に優れた保管倉庫とデータ・マネジメントのノウハウを持つ、アズコムデータセキュリティと協業し、サービス展開。2019年8月には保管倉庫「アズコムデータセキュリティ令和棟」（埼玉県秩父市・約16万箱収納可能）が新たに稼働し、首都圏での事業を本格化。

「健常者と障がい者がともに働きながら、社会に貢献する」ことをスローガンに掲げ、オフィスサービス、ストレージ、デジタルソリューション、レンタルリース、保険サービスなど多様な事業を展開している。